4551
правка
Irina (обсуждение | вклад) |
Irina (обсуждение | вклад) |
||
Строка 12: | Строка 12: | ||
''Гэпом'' в выравнивании <math>\mathcal{A}</math> строк X и Y считается максимальная подстрока из смежных пробелов в последовательности X' или Y'. В выравнивании имеются гэпы и выровненные символы (и | ''Гэпом'' в выравнивании <math>\mathcal{A}</math> строк X и Y считается максимальная подстрока из смежных пробелов в последовательности X' или Y'. В выравнивании имеются гэпы и выровненные символы (и X'[i], и Y'[i] не являются пробелами). Оценка пары выровненных символов основана на функции расстояния <math>\delta(a, b)</math>, где <math>a, b \in \Sigma</math>. Обычно <math>\delta</math> является метрикой, но в данной статье это предположение не требуется. Штраф за гэп длиной k основывается на неотрицательной функции W(k). Оценка выравнивания представляет собой сумму оценок всех выровненных символов и пробелов. Выравнивание является ''оптимальным'', если оно имеет минимально возможную оценку. | ||
Штрафная функция W(k) является вогнутой, если Д W(k) > Д W(k + 1) для всех k > 1, где Д W(k) = W(k + 1) - W(k). | Штрафная функция W(k) является ''вогнутой'', если Д W(k) > Д W(k + 1) для всех k > 1, где Д W(k) = W(k + 1) - W(k). | ||
правка