Локальное выравнивание (с вогнутыми штрафами за гэп): различия между версиями

Концептуально оценка выравнивания используется для фиксации эволюционного расстояния между двумя заданными последовательностями. Поскольку гэп величиной в более чем один пробел может быть создан одним мутационным событием, в некоторых случаях может быть более уместным рассматривать гэп длиной k в качестве единичного элемента вместо k различных точечных мутаций. Однако вопрос о том, какую функцию штрафа за открытие гэпа следует использовать, весьма непрост и иногда зависит от конкретного приложения. В большинстве приложений, таких как BLAST, используется аффинная функция штрафа, которая на практике до сих пор является доминирующей моделью. С другой стороны, Беннер и др. [2], а также Гу и Ли [13] предложили в некоторых случаях использовать логарифмическую функцию штрафа. Вопрос о том, имеет ли смысл использовать вогнутую функцию штрафа за открытие гэпа в целом, остается открытым.