Аноним

Сходство между сжатыми строками: различия между версиями

Материал из WEGA
 
(не показана 1 промежуточная версия 1 участника)
Строка 114: Строка 114:


== Открытые вопросы ==
== Открытые вопросы ==
Сложность задачи в наихудшем случае не вполне понятна. Для метрики самой длинной общей подпоследовательности найдены некоторые результаты с временной сложностью выше O(nm' + n'm) при вычислении сходства двух строк, закодированных при помощи длин серий [1, 11, 12]. Остается открытым вопрос о распространении этих результатов на метрику расстояния Левенштейна, метрику взвешенного расстояния редактирования и метрику аффинного штрафа за гэп.
Сложность задачи в наихудшем случае не вполне понятна. Для метрики самой длинной общей подпоследовательности найдены некоторые результаты с временной сложностью оптимальнее O(nm' + n'm) при вычислении сходства двух строк, закодированных при помощи длин серий [1, 11, 12]. Остается открытым вопрос о распространении этих результатов на метрику расстояния Левенштейна, метрику взвешенного расстояния редактирования и метрику аффинного штрафа за гэп.




Строка 137: Строка 137:
6. Crochemore, M., Landau, G.M.,Ziv-Ukelson, M.: A Subquadratic Sequence Alignment Algorithm for Unrestricted Scoring Matrices. SIAM J. Comput. 32(6), 1654-1673 (2003)
6. Crochemore, M., Landau, G.M.,Ziv-Ukelson, M.: A Subquadratic Sequence Alignment Algorithm for Unrestricted Scoring Matrices. SIAM J. Comput. 32(6), 1654-1673 (2003)


7. Fredriksson, K., Navarro, G., Ukkonen, E.: Sequential and Indexed Two-Dimensional Combinatorial Template Matching Allowing Rotations. Theor. Comput. Sci. 347(1-2), 239-275
7. Fredriksson, K., Navarro, G., Ukkonen, E.: Sequential and Indexed Two-Dimensional Combinatorial Template Matching Allowing Rotations. Theor. Comput. Sci. 347(1-2), 239-275(2005)
(2005)
 
[[Категория: Совместное определение связанных терминов]]


8. Kim, J.W., Amir, A., Landau, G.M., Park, K.: Computing Similarity of Run-Length Encoded Strings with Affine Gap Penalty. In: Proc. 12th Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE'05). LNCS, vol. 3772, pp. 440-449 (2005)
8. Kim, J.W., Amir, A., Landau, G.M., Park, K.: Computing Similarity of Run-Length Encoded Strings with Affine Gap Penalty. In: Proc. 12th Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE'05). LNCS, vol. 3772, pp. 440-449 (2005)