Аноним

Приближенное сравнение регулярных выражений: различия между версиями

Материал из WEGA
 
(не показаны 3 промежуточные версии 1 участника)
Строка 42: Строка 42:


== Применение ==
== Применение ==
Эта задача применяется в вычислительной биологии для нахождения определенных типов мотивов в ДНК и последовательностях белка. Подробнее об этом см. обсуждение в работе [1]. В частности, ограниченными регулярными выражениями являются шаблоны PROSITE, достаточно широко применяющиеся при поиске последовательностей белка. На практике шаблоны PROSITE можно искать при помощи более быстрых алгоритмов [7]. То же происходит и с другими классами сложных шаблонов [6] и сетевыми выражениями [2].
Эта задача применяется в вычислительной биологии для нахождения определенных типов мотивов в ДНК и последовательностях белка. Подробнее об этом см. обсуждение в работе [1]. В частности, ограниченными регулярными выражениями являются шаблоны PROSITE, достаточно широко применяющиеся при поиске в последовательностях белка. На практике шаблоны PROSITE можно искать при помощи более быстрых алгоритмов [7]. То же происходит и с другими классами сложных шаблонов [6] и сетевых выражений [2].


== Открытые вопросы ==
== Открытые вопросы ==
Строка 54: Строка 54:


== См. также ==
== См. также ==
* [[Сравнение регулярных выражений]] – более простой случай, в котором ищется точное совпадение со строками в L(R).
* [[Сравнение регулярных выражений]] – более простой случай, в котором ищется точное совпадение со строками в <math>\mathcal{L}(R)</math>.
* [[Последовательное приближенное сравнение строк]] – упрощение данной задачи; в этом случае связь между графом G и матрицей C должна быть очевидной.
* [[Последовательное приближенное сравнение строк]] – упрощение данной задачи; в этом случае связь между графом <math>\mathcal{G}</math> и матрицей C должна быть очевидной.


== Литература ==
== Литература ==
Строка 77: Строка 77:


10. Wu, S., Manber, U., Myers, E.W.: A subquadratic algorithm for approximate regular expression matching. J. Algorithms 19(3), 346-360(1995)
10. Wu, S., Manber, U., Myers, E.W.: A subquadratic algorithm for approximate regular expression matching. J. Algorithms 19(3), 346-360(1995)
[[Категория: Совместное определение связанных терминов]]