Последовательное сравнение нескольких строк: различия между версиями

Алгоритм Ахо-Корасик вначале строит [[trie|префиксное дерево]] <math>T(\mathcal{P})</math> – цифровое дерево, распознающее шаблоны <math>\mathcal{P}</math>. Префиксное дерево <math>T(\mathcal{P})</math> представляет собой дерево, ребра которого помечены буквами, а вдоль ветвей можно прочесть шаблоны <math>\mathcal{P}</math>. Вершина p префиксного дерева <math>T(\mathcal{P})</math> ассоциируется с уникальным словом w, «написанным» по пути в <math>T(\mathcal{P})</math>, ведущему из его корня в p. Сам корень идентифицируется с пустым словом <math>\varepsilon</math>. Заметим, что если w является вершиной в <math>T(\mathcal{P})</math>, то w является префиксом некоторого шаблона <math>P^i \in \mathcal{P}</math>. Если вдобавок к этому <math>a \in \Sigma</math>, то child(w, a) совпадает с wa, если wa является вершиной в <math>T(\mathcal{P})</math>, и равно NIL в противном случае.

На втором этапе, когда шаблоны добавляются к префиксному дереву, алгоритм инициализирует выходную функцию ''out''. Он ассоциирует одноэлементное множество <math>{P^i}</math> с вершинами <math>P^i (1 \le i \le k)</math> и пустое множество – со всеми другими вершинами <math>T(\mathcal{P})</math>.

Наконец, последним этапом предварительной обработки является создание ссылок для случаев несовпадения для каждой вершины и одновременное завершение создания выходной функции. Функция несовпадения ''fail'' определяется на вершинах следующим образом (w является вершиной): fail(w) = u, где u – самый длинный подходящий суффикс w, принадлежащий к <math>T(\mathcal{P})</math>. Вычисление ссылок для несовпадений выполняется в процессе обхода <math>T(\mathcal{P})</math> в ширину. Завершение выходной функции выполняется в ходе вычисления функции для несовпадения с использованием следующего правила: если <math>fail(w) = u</math>, то <math>out(w) = out(w) \cup out(u)</math>.

'''Теорема 1 (Ахо и Корасик [1]). После предварительной обработки <math>\mathcal{P}</math>, поиск вхождений строк из <math>\mathcal{P}</math> в тексте T может быть выполнен за время <math>O(n \times log \; \sigma)</math>. Время выполнения соответствующего этапа предварительной обработки составляет <math>O(|\mathcal{P}| \times log \; \sigma)</math>. Обе операции требуют дополнительной памяти в объеме <math>O(|\mathcal{P}|)</math>.'''

Алгоритм Ахо-Корасик, в сущности, представляет собой расширение алгоритма Морриса-Пратта для точного сравнения конечного множества строк.

Техника битового параллелизма может применяться для моделирования ОАГС-алгоритма. В результате получается алгоритм Наварро и Раффино MultiBNDM [7]. Эта стратегия эффективно работает в случае, когда <math>k \times \ell min</math> бит помещаются в нескольких машинных словах. Префиксы строк <math>\mathcal{P}</math> длины Imin упаковываются в один битовый вектор. После этого поиск выполняется так же, как в алгоритме точного сравнения строк BNDM, и осуществляется для всех префиксов в одно и то же время.

Алгоритм Ву и Манбера [11] рассматривает блоки длины <math>\ell</math>. Блоки такой длинны хэшируются при помощи функции h в значения меньше ''maxvalue''. Значение функции сдвига ''shift''[h(B)] определяется как минимальное значение из <math>|P^i| - j</math> и <math>\ell min - \ell + 1</math> с <math>B = p^i_{j - \ell + 1}...p^i_j</math> для <math>1 \le i \le k</math> и <math>1 \le j \le |P^i|</math>. Значение <math>\ell</math> варьируется в зависимости от минимальной длины строк в <math>\mathcal{P}</math> и размера алфавита. Значение ''maxvalue'' варьируется в зависимости от объема доступной памяти.

На этапе поиска этого алгоритма производится чтение блоков B длины <math>\ell</math>. Если shift[h(B)] > 0, то выполняется сдвиг на длину shift[h(B)]. В противном случае при shift[h(B)] = 0 шаблоны, оканчивающиеся на блок B, проверяются в тексте один за другим. Первым сканируется блок <math>t_{\ell mjn - \ell + 1} ... t_{\ell mjn}</math>. Данный метод встроен в команду agrep [10].