Локальное выравнивание (с аффинными штрафами за гэп): различия между версиями

Перейти к навигации Перейти к поиску
Строка 44: Строка 44:


Базовый шаг:
Базовый шаг:
<math>H(i, 0) = H(0, j) = 0, 0 \le i \le n, 0 \le j \le m</math>
<math>H_N(i, 0) = H_N(0, j) = - \infty, 0 \le i \le n, 0 \le j \le m</math>
<math>H_S(i, 0) = H_T(0, j) = W_s + W_p, 0 \le i \le n, 0 \le j \le m</math>
<math>H_S(0, j) = H_T(i, 0) = - \infty, 0 \le i \le n, 0 \le j \le m</math>
Шаг рекурсии:


<math>H(i, j) = max \{H_N(i, j), H_S(i, j), H_T(i, j), 0 \}, 1 \le i \le n, 1 \le j \le m</math>
<math>H(i, j) = max \{H_N(i, j), H_S(i, j), H_T(i, j), 0 \}, 1 \le i \le n, 1 \le j \le m</math>


<math>H_n(i, j) = H(i - 1, j - 1) + \delta(s[i], T[j]), 1 \le i \le n, 1 \le j \le m</math>
<math>H_N(i, j) = H(i - 1, j - 1) + \delta(s[i], T[j]), 1 \le i \le n, 1 \le j \le m</math>
 
<math>H_S(i, j) = max \{ H(i - 1, j) - (W_s + W_p), H_S(i - 1, j) - W_p \}, 1 \le i \le n, 1 \le j \le m</math>


Шаг рекурсии:
<math>H_T(i, j) = max \{ H(i, j - 1) - (W_s + W_p), H_T(i, j - 1) - W_p \}, 1 \le i \le n, 1 \le j \le m</math>


== Применение ==
== Применение ==
4551

правка

Навигация