4430
правок
Irina (обсуждение | вклад) м (Irina переименовал страницу Сортировка подписанных перестановок при помощи обращений (последовательность обращений) в [[Сортировка пере…) |
Irina (обсуждение | вклад) мНет описания правки |
||
Строка 3: | Строка 3: | ||
== Постановка задачи == | == Постановка задачи == | ||
'' | ''Перестановка со знаками'' <math>\pi</math> размера n представляет собой перестановку над множеством {-n, ... , -1, 1, ..., n}, где <math>\pi_{- i} = - \pi_i</math> для всех i. | ||
Строка 14: | Строка 14: | ||
Если вычисление <math>d(\pi)</math> производится за линейное время [2] (см. статью «[[Сортировка | Если вычисление <math>d(\pi)</math> производится за линейное время [2] (см. статью «[[Сортировка перестановок со знаками при помощи обращений (расстояние обращения)|Расстояние обращений]]»), то вычисление последовательности размера <math>d(\pi)</math>, выполняющей сортировку <math>\pi</math>, является более сложным, и для него пока не разработано линейных алгоритмов. Наилучшие параметры сложности на данный момент демонстрирует решение Танье и Сагот [17], которое было теоретически улучшено в работах Танье, Бержерон и Сагот [18] и Хана [8]. | ||
== Основные результаты == | == Основные результаты == | ||
Строка 65: | Строка 65: | ||
== Применение == | == Применение == | ||
Основной мотивацией и основной областью применения для этих исследований является вычислительная биология. | Основной мотивацией и основной областью применения для этих исследований является вычислительная биология. Перестановки со знаками оказались адекватным способом моделирования относительного положения и ориентации гомологичных участков ДНК двух особей. Обобщение этой задачи до мультихромосомных моделей было разработано и применено для геномов млекопитающих [15], свидетельствуя в пользу эволюционной модели, в которой обращения встречаются не случайным образом. | ||
Строка 71: | Строка 71: | ||
Обобщения этого подхода для сравнения более чем двух геномов широко рассматривались в литературе и применялись для реконструкции эволюционных событий и организации геномов общих предков биологических видов, а также для вывода ортологичных генов на основе их позиций; они основаны на эвристических принципах, базирующихся на теории сортировки | Обобщения этого подхода для сравнения более чем двух геномов широко рассматривались в литературе и применялись для реконструкции эволюционных событий и организации геномов общих предков биологических видов, а также для вывода ортологичных генов на основе их позиций; они основаны на эвристических принципах, базирующихся на теории сортировки перестановок со знаками при помощи обращений [12, 13]. | ||
== Открытые вопросы == | == Открытые вопросы == | ||
Строка 98: | Строка 98: | ||
• http://biomserv.univ-lyon1.fr/~tannier/PSbR/ | • http://biomserv.univ-lyon1.fr/~tannier/PSbR/ | ||
Созданная Дикманном программа выполняет поиск сценария обращений с дополнительными ограничениями для | Созданная Дикманном программа выполняет поиск сценария обращений с дополнительными ограничениями для перестановок со знаками, реализуя алгоритм Танье и Сагот [17]. | ||
• http://www.geocities.com/mdvbraga/baobabLuna.html | • http://www.geocities.com/mdvbraga/baobabLuna.html | ||
Программа, разработанная Марилией Брагой для обработки перестановок и, в частности, для сортировки | Программа, разработанная Марилией Брагой для обработки перестановок и, в частности, для сортировки перестановок со знаками при помощи обращений, а также для выдачи сжатого представления всех оптимальных последовательностей перестановок, является реализацией алгоритма из работы [6]. | ||
== См. также == | == См. также == | ||
[[Сортировка | [[Сортировка перестановок со знаками при помощи обращений (расстояние обращения)]] | ||
== Литература == | == Литература == |
правок