Аноним

Сортировка перестановок со знаками при помощи обращений (расстояние обращения): различия между версиями

Материал из WEGA
м
Строка 18: Строка 18:


== Применение ==
== Применение ==
Некоторые организмы имеют одну хромосому либо содержат однохромосомные органеллы (такие как митохондрии или хлоропласты), эволюция которых в значительной степени зависит от эволюции ядерного генома. Если имеется конкретная нить одиночной хромосомы, линейная или кольцевая, мы можем вывести упорядочение и направленность генов, представив таким образом каждую хромосому в виде упорядочения ориентированных генов. Во многих случаях эволюционных процесс, действующий над подобными однохромосомными организмами, состоит главным образом из инверсий частей хромосомы; это открытие позволило многим биологам реконструировать филогении на основе порядка генов, используя в качестве меры эволюционного расстояния между двумя геномами расстояние инверсии, т.е. наименьшее количество инверсий, необходимое для преобразования одной подписанной перестановки в другую [11, 12, 14].
Некоторые организмы имеют одну хромосому либо содержат однохромосомные органеллы (такие как митохондрии или хлоропласты), эволюция которых в значительной степени зависит от эволюции ядерного генома. Если имеется конкретная нить одиночной хромосомы, линейная или кольцевая, мы можем вывести упорядочение и направленность генов, представив таким образом каждую хромосому в виде упорядочения ориентированных генов. Во многих случаях эволюционный процесс, действующий над подобными однохромосомными организмами, состоит главным образом из инверсий фрагментов хромосомы; это открытие позволило многим биологам реконструировать филогении на основе порядка генов, используя в качестве меры эволюционного расстояния между двумя геномами расстояние инверсии, т.е. наименьшее количество инверсий, необходимое для преобразования одной подписанной перестановки в другую [11, 12, 14].




Данный линейный алгоритм получил широкое распространении (в течение первых нескольких лет после публикации на него было сделано почти 200 ссылок). Среди примеров использования можно упомянуть обработку многохромосомных перестановок генома [16], сравнение геномов [5], разбор вторичной структуры РНК [13] и филогенетическое исследование вируса ВИЧ-1 [2].
Данный линейный алгоритм получил широкое распространении (в течение первых нескольких лет после публикации на него было сделано почти 200 ссылок). Среди примеров использования можно упомянуть обработку многохромосомных перестановок генома [16], сравнение геномов [5], разбор вторичной структуры РНК [13] и филогенетическое исследование вируса ВИЧ-1 [2].
 
== Открытые вопросы ==
== Открытые вопросы ==
Необходима разработка эффективных алгоритмов для вычисления минимальных расстояний для инверсий с весами, транспозиций и инвертированных транспозиций.
Необходима разработка эффективных алгоритмов для вычисления минимальных расстояний для инверсий с весами, транспозиций и инвертированных транспозиций.
4446

правок