4446
правок
Локальное выравнивание (с вогнутыми штрафами за гэп): различия между версиями
Материал из WEGA
Локальное выравнивание (с вогнутыми штрафами за гэп) (посмотреть исходный код)
Версия от 15:41, 20 мая 2021
, 20 мая 2021→Постановка задачи
Irina (обсуждение | вклад) |
Irina (обсуждение | вклад) |
||
| Строка 21: | Строка 21: | ||
Штрафная функция W(k) является ''P-кусочной аффинной кривой'', если область W можно разбить на P интервалов, <math>(\tau_1 = 1, \chi_1), (\tau_2, \chi_2), ..., (\tau_p, \chi_p = \infty)</math>, где <math>\tau_i = \chi_{i - 1} + 1</math> для всех <math>1 < i \le p</math>, такое, что для каждого интервала значения W описываются аффинной функцией. Более точно, для любого k | Штрафная функция W(k) является ''P-кусочной аффинной кривой'', если область W можно разбить на P интервалов, <math>(\tau_1 = 1, \chi_1), (\tau_2, \chi_2), ..., (\tau_p, \chi_p = \infty)</math>, где <math>\tau_i = \chi_{i - 1} + 1</math> для всех <math>1 < i \le p</math>, такое, что для каждого интервала значения W описываются аффинной функцией. Более точно, для любого <math>k \in (\tau_i, \chi_i), W(k) = a_i + b_i k</math> для некоторых констант <math>a_i, b_i</math>. | ||
Задача | Задача | ||
'''Дано''': Две строки X и Y, функция оценки | |||
'''Дано''': Две строки X и Y, функция оценки <math>\delta</math> и функция штрафа за открытие гэпа W(k). | |||
'''Требуется''': найти оптимальное выравнивание X и Y. | '''Требуется''': найти оптимальное выравнивание X и Y. | ||
